در راستای ایجاد زمینه مناسب برای ارتقاء فعالیت‌های علمی، پژوهشی، آموزشی، ایجاد هماهنگی بین مراکز مرتبط با حوضه آبی دریای خزر، تبادل تجارب و اطلاعات، بهره‌برداری از توانمندی‌های علمی، تخصص و امکانات دانشگاه گیلان و مراکز ذیربط، اهداف راه‌اندازی پژوهشکده حوضه آبی دریای خزر بشرح موارد زیر می باشد:

• انجام پژوهش‌های مرتبط در قالب محیط‌های رودخانه‌ای و مصب‌ها در حوضه آبی دریای خزر
• مدیریت کمی و کیفی منابع آب در این حوضه
• مدیریت جامع حوضه های آبریز
• توسعه علوم و فنون ساحلی و دریایی
• مطالعات مرتبط با مشخصات فیزیکی، شیمیایی و تنوع زیستی در حوضه آبی دریای خزر
• توسعه مطالعات در زمینه محیط زیست و اکوسیستم
• مدیریت فاضلاب شهری و پساب های صنعتی
• پایش فاضلاب شهری و پساب های صنعتی
• پایش جامع تالاب انزلی
• بررسی آلودگی دریای خزر و مطالعه اثرات مخرب زیستی محیطی ناشی از آن
• استفاده از علوم و فنون نوین در پژوهش های مرتبط با حوضه آبی دریای خزر
• فراهم آوردن امکانات لازم و تأمین نیروی انسانی متخصص در راستای انجام پژوهش‌‌های کاربردی در رابطه با مسائل اقتصادی، حقوقی، فرهنگی و اجتماعی حوضه آبی دریای خزر
• انجام پژوهش و مطالعات جامع در زمینه بهره‌برداری بهینه از شرایط خاص اقلیم و منطقه شمال کشور و ارایه راهکارهای مناسب با توجه به ظرفیت‌های موجود منطقه شمال کشور
• توسعه، اطلاع رسانی و ترویج علوم مرتبط با حوضه آبی دریای خزر
• همکاری پژوهشی با مؤسسات آموزشی و پژوهشی داخل و خارج از کشور به منظور ارتقای کیفیت فعالیت‌های علمی و پژوهشی
• ایجاد ارتباط فعال و سازنده از طریق همکاری با مؤسسات آموزشی و جوامع علمی- پژوهشی در داخل کشور و سازمان های منطقه‌ای و بین المللی ذیصلاح و متخصص در جهت یاری رساندن به اهداف پژوهشکده
• همکاری با سازمان های اجرایی کشور در طرح های پژوهشی مربوط به علوم مرتبط با حوضه آبی دریای خزر و انجام خدمات مشاوره‌ای علمی-تخصصی با اشخاص حقیقی و حقوقی
• ایجاد دوره‌های باز آموزی و تخصصی کوتاه‌ مدت برای دستگاه‌های اجرایی و بخش غیر دولتی و کمک به آنان برای یافتن راه‌های مناسب آموزش متخصصان و دانش پژوهان علوم مرتبط با حوضه آبی دریای خزر
• برگزاری کنفرانس‌ها، سمینارها و کارگاه‌های عملی در سطوح منطقه‌ای، ملی و بین‌المللی طبق ضوابط و مقررات جاری کشور
• برقراری فعالیت آموزشی از طریق پذیرش دانشجو در رشته‌های مرتبط حوضه آبی دریای خزر در مقاطع کارشناسی ارشد و دکتری در قالب برنامه‌های تحصیلات تکمیلی دانشگاهی با برنامه‌ریزی‌های لازم
• ایجاد بانک اطلاعات و کتابخانه در زمینه‌های مختلف علوم مرتبط با حوضه آبی دریای خزر و ایجاد نشریه پژوهشی